Conoscenze della struttura e funzionamento del calcolatore, informatica ed abilità di programmazione di base. Conoscenze ed abilità delle interrogazioni di database biologici ed all’analisi delle sequenze di acidi nucleici e proteiche.
Durante le esercitazioni al computer viene richiesto di stilare una breve relazione sulle ricerche eseguite in aula. Esame alla fine del corso: scritta e al computer con domande a risposta multipla e domande aperte. Eventuale integrazione orale.
Italiano
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Informatica generale (16 Teoria + 16 Laboratorio): Nella parte introduttiva delle lezioni frontali vengono presentati la struttura e funzionamento di base di un calcolatore, e cenni storici di Informatica. Di seguito viene trattata la codifica dell'informazione in modo digitale (binario) ed aritmetica binaria. La realizzazione materiale di un calcolatore – il hardware – viene studiata trattando l'algebra degli insiemi, l'algebra booleana, e circuiti logici di base. Ad un livello più alto poi viene presentato il cuore del calcolatore – il processore (CPU) – approfondendo soprattutto il linguaggio macchina (Assembler) utilizzato per controllare il CPU. La parte teorica culmina con lo studio degli fondamenti della programmazione ed alcuni algoritmi di base. I laboratori nell'aula informatica cominciano con introduzione del sistema operativo Linux e software di base. Di seguito verranno trattati elementi di programmazione nel contesto del sistema Open Office.
Bioinformatica (8 Teoria + 16 Laboratorio): Durante le lezioni frontali vengono descritte le strutture dei database ed in particolare le differenti tipologie di dati biologici e le modalità della loro memorizzazione nei database biologici primari e secondari. Gli argomenti trattati introducono al reperimento, l’organizzazione, la struttura e l’utilizzo delle principali risorse informatiche a carattere biologico disponibili in rete, con approfondimenti sulle principali risorse disponibili all’NCBI e all’EBI. Vengono forniti alcuni concetti inerenti la struttura del DNA, la trascrizione e la traduzione. Inoltre, vengono introdotti alcuni concetti, alla base dell’ evoluzione e della filogenesi molecolare, affrontando la comparazione di sequenze biologiche tramite analisi di allineamento. Durante le esercitazioni al computer, viene descritto come individuare ed interpretare specifiche informazioni di carattere biologico ottenute da banche dati di citazioni bibliografiche, di malattie genetiche, di sequenze nucleotidiche e proteiche. Vengono inoltre utilizzati specifici programmi di allineamento per ricerche di similarità tra sequenze. Le ricerche vengono effettuate sia mediante query complesse nelle specifiche banche dati, sia mediante l’utilizzo di browser genomici.
(1) Colussi, Filè, Rossi (2003), Informatica di Base, Edizioni Libreria Progetto.
(2) Tosoratti (2005), Introduzione all’Informatica, Casa Editrice Ambrosiana, 2nda ed.
(3) G. Valle et al. Introduzione alla Bioinformatica, Zanichelli, 2003.
(4) materiale didattico nei seguenti siti: (i) http://www.stoianov.it/ibm2007.php (ii) http://didattica.cribi.unipd.it/bioinfouno/ (iii) sito E-learning della Facoltà di Scienze MM.FF.NN dell'Università di Padova